Secure boot aparentemente é usado mais por sistemas centralizados, vide Windows, para garantir a legitimidade do software e/ou se foi modificado, o que, no meu entendimento, não se aplica a sistemas modulares e que podem ser modificados por qualquer um como a maioria dos sistemas Linux. E também, quando se mexe com dual boot, máquinas virtuais e afins, o secure boot muitas mais atrapalha do que ajuda, então pessoalmente, recomendo deixar desligado a não ser que precise usar um Windows da vida.